منبع: http://www.iranemoaser.com
سحرگاه روز یكشنبه اول آبانماه سال ١٣٥٦ قبل از اذان صبح، وقتی مطابق معمول براي آيت الله حاج سيد مصطفي خميني كه در آن ساعت همواره به دعا و مناجات مشغول بود يك ليوان آب مي‌آورند، صدايي از داخل اتاق به گوش نمي‌رسد. چند دقيقه بعد، اعضاي خانواده وي در را باز مي كنند و با پيكر بي جان او روبرو مي‌شوند. و به این صورت، مردي كه اميد آينده اسلام بود به عنوان اولين شهيد فصل پيروزي انقلاب اسلامي به خاك مي‌افتد.
آيت الله سيدمصطفي خميني، بازوي راست امام خميني در نهضت اسلامي بود به نحوي كه ساواك (سازمان اطلاعات و امنيت نظام شاهنشاهي) او را از عوامل اصلي نهضت اسلامي و تداوم اين نهضت به حساب مي‌آورد. در دوران تبعيد، افراد زيادي از داخل و خارج كشور با ايشان در تماس بودند. شب قبل از واقعه شهادت وي اشخاص مرموز و ناشناسي به ملاقات وي آمده بودند و پيش از آن از سوي نظام شاه به مرگ تهديد شده بود.
يكي از پزشكان بيمارستان كوفه كه ساعتي بعد پيكر وي را معاينه كرده بود بلافاصله اعلام كرد كه ايشان را مسموم كرده‌اند. اين پزشك همان روز از طرف سازمان امنيت عراق بازداشت شد و بعد از ٢٤ ساعت كه آزاد گرديد از هرگونه اظهار نظر ديگري خودداري كرد.
روزنامه المجاهد (چاپ الجزاير) نوشت: مصطفي خميني فرزند روح‌الله خميني (مقام مذهبي مسلمان شيعه ايران) به دست ساواك به قتل رسيده است.
خبرگزاري فرانسه نيز در تاريخ ٦ دسامبر ١٩٧٧ گزارش داد: “سيدمصطفي خميني پسر امام روح الله خميني مقام مذهبي مسلمانان شيعه ايران چهل روز پيش در نتيجه بدرفتاري‌هاي ساواك (پليس مخفي ايران) جان خود را از دست داده است.”
شهادت آيت الله سيدمصطفي خميني، خون دوباره‌اي در رگ‌هاي مرعوب و خوابزده كشور ايران جاري ساخت و مجالس متعددي در بزرگداشت اين انقلابي دانشمند در نقاط مختلف كشور برگزار شد. نام امام خميني از نو بر زبان‌ها جاري شد و واكنش‌هاي شتابزده و سركوبگرانه نظام شاهنشاهي هر روز توفان انقلاب را نيرومندتر ساخت و در مدت كوتاهي بنياد نظام وابسته، پوسيده، جنايتكار و فاسد پهلوي را به باد فنا داد.
درباره آيت الله شهيد حاج سيدمصطفي خميني، بسيار گفته‌اند و بسيار نوشته‌اند، ولي حق مطلب ادا نشده است و مانند بسياري از شهداي ديگر نام او نيز در پرده‌اي از مظلوميت پنهان است. با اين وجود:
آب دريا را اگر نتوان كشيد هم به قدر تشنگي بايد چشيد
اين است كه به عنوان بزرگداشت ساگرد شهادت وي چند جمله‌اي را از هزاران جمله‌اي كه در وصف او گفته‌اند در پي مي‌آوريم:
امام خميني: مصطفي اميد آينده اسلام بود... مرگ مصطفي از الطاف خفيه الهي بود...
مرحوم حاج سيداحمد خميني: برادرم همچون يكي از شهداي قبل از پيروزي انقلاب به دست عوامل شاه مسموم شد. از خصوصيات بارز اين مرد خدا دشمني پرو پا قرص با شاه و رژيم او و جهت دار بودنش در مبارزه و صراحتش در برخورد با مسايل اصولي و آشتي ناپذيري‌اش در برابر سازشكاران بود.
خانم دكتر فاطمه طباطبايي: وجود حاج آقا مصطفي براي امام بسيار مغتنم بود. ايشان سعي مي‌كرد تازه‌ترين اخبار را به امام بدهد.
آيت الله بجنوردي: نيمه شب بيدار مي‌شد و مسئله نماز شب و مقيد بود تا هزار “قل هوالله” را بخواند... مقيد بود هر روز زيارت عاشورا را بخواند... خيلي از شب‌ها مقيد بود به نماز جعفر طيار... در بعد عبادات، در بعد اذكار و در مسائل عرفان و در مسائل انقطاع الي الله خيلي روي خودش كار كرده بود.
- خيلي برخوردش با افراد، خاكي بود. يعني واقعا از تمام تعينات گذر كرده بود، روي خاك بنشيند، روي زمين بنشيند با افراد فقير و مستمند، با يك طلبه خيلي مبتدي، يك ساعت بنشيند و بحث كند طوري برخورد مي‌كرد كه هيچ كس احساس غريبي با او نمي‌كرد.
- در عين حالي كه اشتغال علمي به نحو بالايي داشت و عبادات را انجام مي‌داد در تمام مسائل انقلاب هم كاملا حضور داشت.
آيت الله سيدعباس خاتم يزدي: حاج آقا مصطفي يك دانشمند به تمام معنا بود.
آيت‌الله محمدحسن قديري: مرحوم حاج آقا مصطفي از اركان مهم نهضت اسلامي هستند و نقش ايشان در اصل نهضت و ادامه آن بسيار موثر بوده است.
رژيم شاه با به شهادت رساندن آن عالم وارسته و جليل‌القدر اين نقشه‌ها را در سر داشت: ١ـ ضربه سهمگيني بر امام وارد كند و ايشان را از رهبري نهضت باز بدارد. ٢ـ از وجود خميني ديگر براي آينده پيشگيري كند.٣ـ نهضت اسلامي ايران را به شكست بكشاند.
عليرغم اين معادلات و محاسبات، شهادت حاج سيد مصطفي خميني، نهضت اسلامي ايران را به انقلاب بدل كرد، بيش از چهل روز از شهادت او نگذشته بود كه خونش در قم به جريان افتاد و شهر خون و قيام را در ١٩ ديماه 56 گلگون ساخت، در اربعين شهداي قم، خون پاك آن عالم شهيد كه با خون شهداي قم درهم آميخته بود آذربايجان را فرا گرفت و شهر تبريز را خروشان ساخت و به دنبال آن اربعين‌هاي زنجيره‌اي پديد آمد و اين خون پاك آيت الله شهيد حاج سيدمصطفي خميني و ديگر شهداي راه اسلام كه جوشيد و خروشيد و همانند سيل بنيانكني پيش تاخت و كاخ‌ها و كاخ نشينان را در كام خود فرو برد و انقلاب اسلامي را به ارمغان آورد.
در پي شهادت آن عالم رباني امام در پشت كلام‌الله مجيد نوشت:
بسمه تعالي
انالله و انا اليه راجعون
در روز يكشنبه نهم شهر ذي القعدة الحرام ١٣٩٧ مصطفي خميني نور بصرم و مهجه قلبم دار فاني را وداع كرد و به جوار رحمت حق تعالي رهسپار شد. اللهم ارحمه و اغفرله و اسكنه الجنه بحق اوليائك الطاهرين عليهم الصلوة والسلام.

دست اجانب كشت او را از جفا
بارالها باز از غم سينه‌ام تنگ آمده شيشهء صبرم ندانم از چه بر سنگ آمده
هر مسلماني برون از خانه دلتنگ آمده صورت گلگون او امروز بي رنگ آمده
از چه احوال من و اين خلق ديگرگون شده
گوئيا ما را رسيده ماتمي بس دردناك شد غروب از آسمان علم، نجمي تابناك
جسم پاكي در زمين پاك پنهان زير خاك سيد والا مقامي جسم پاك و روح پاك
مصطفائي در جوار مرتضي مدفون شده
سيد روشن ضميري پاك طينت باصفا نور جشم آيت الله خميني مصطفي
مرجع تقليد ما را بود ياري باوفا ظاهراً دست اجانب كشت او را از جفا
مرجع تقليد ما را از غمش دل خون شده
پشت احمد قلب روح‌الله از اين ماتم شكست لشگر اسلام را گويي كه يك پرچم شكست
اهل ايران را دل پردرد از اين غم شكست بلكه قلب هر مسلمان هست در عالم شكست
زين سبب دلهاي ما از داغ او محزون شده
آه و واويلا كه رفت از اين جهان روشن دلي عالم روشن روان تيز هوش مقبلي
بود از باغ امامت شاخهء پرحاصلي بود همراه پدر در راه حق هر منزلي
قائد ما را از اين غم چشم‌ها گلگون شده
آه كاز ظلم و جفاي دشمن شوم پلشت آن تبه‌كاران بدخوي پليد چهره زشت
رفت از دار فنا آن سيد نيكو سرشت نزد اجداد كرامش شد خرامان در بهشت
روح پاكش در جوار خالق بيچون شده
آه و واويلا كازين غم چشم‌ها گريان شده زين مصيبت انقلابي سخت در ايران شده
خاصه اهل قم از اين ماتم همه نالان شده زين مصيبت نوحه‌گر حيراني حيران شده
بي قرار و بي خود و دلخسته و محزون شده
در مه ذيقعده آن مرحوم رضوان جايگاه رست ز رنج و تعب شد راهي آرامگاه
سال تاريخ وفاتش با حساب دور ماه ح بيفزا نيز بر اين جمله غفران پناه
با حساب ابجدي تاريخ او موزون شده